Fin 2006, en direct de l’émission de Laurent Ruquier « On n’est pas couchés », sur France 2, Bernard Kouchner pique une belle colère. Motif : les animateurs du plateau, à commencer par Eric Zemmour, le soupçonnent d’avoir voulu participer aux gouvernements Raffarin et Villepin, et titillent sa proximité idéologique avec Nicolas Sarkozy. Le « french doctor » explose : « qu’est-ce que c’est que ces procès d’intention de merde ? ! Ca fait quarante ans que je suis de gauche (…) Me faites pas chier ! »
Le 18 mai 2007 , il prenait ses fonctions comme ministre des Affaires étrangères dans le gouvernement de François Fillon.